本文內容整理自醫咖會《孟德爾隨機化實戰——基于外部摘要數據》專欄,小咖針對其中關于孟德爾隨機化原理的內容進行了整理,可點擊左下角“閱讀原文”查看完整視頻。
決定每個人表型的基因是由父母雙方各自提供的一半結合而成的,這一半基因從產生到結合都是隨機的,決定了每個后代的不確定性。這種隨機性在研究中至關重要,是研究者對公平性和真理檢驗的追求,比如臨床研究中的隨機分組、盲法等。孟德爾隨機化的出發點就是隨機性。
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孟德爾隨機化研究中,探究暴露因素X和結局Y的因果關系時,并不是直接尋找X與Y的關系,而是通過尋找X的強相關因素,也就是SNPs,與Y的關系。SNP也就被稱為工具變量。在分析中,SNPs與影響X/Y的混雜因素不相關、與Y不相關,SNPs相互之間也沒有相關性。
就像X和Y分別代表兩個公司,X去找Y談合作,X必須帶著心腹(SNPs),但他們(SNPs)不能和Y、其他小公司(混雜因素)有關系,每個人(SNP)之間也不能在私下有抱團、利益牽扯等關聯。
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至于SNPs,眾所周知,染色體是由A/T、C/G,通過氫鍵結合,但這些位點可能存在突變情況,突變頻率在1%以上的突變就是一個SNP。但并不確定,頻率較低的突變也可以籠統的稱為SNPs,生物學上通常突變頻率達到5%的位點被稱為常見突變,1%以下稱為罕見突變。研究中,通常通過GWAS分析選擇與X相關的SNPs。
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